Tudo o que segue trata de Peptídeo. Mantemos linguagem clara, apoiamos na literatura e separamos o bem documentado do que segue em aberto.
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O CASP, sigla para Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction, é um experimento comunitário para predição da estrutura de proteínas realizado a cada dois anos desde 1994. O CASP proporciona uma oportunidade para avaliar a qualidade da metodologia humana não automatizada disponível (categoria humana) e de servidores automáticos para predição da estrutura de proteínas (categoria de servidores, introduzida no CASP7). O servidor de avaliação contínua automatizada CAMEO3D (Continuous Automated Model EvaluatiOn) avalia servidores automáticos de predição de estrutura de proteínas semanalmente utilizando predições cegas para estruturas de proteínas recém-disponibilizadas. O CAMEO publica os resultados em seu portal na internet.
Fontes: pt.wikipedia.org
As fosfatases são enzimas que removem um grupo fosfato do seu substrato ao hidrolisar os ésteres monofosfóricos de ácido fosfórico dando lugar a um ião fosfato livre e uma molécula com um grupo hidroxilo livre (desfosforilação). Esta ação é a oposta à realizada pelas fosforilases e quinases, as quais unem grupos fosfatos aos seus substratos utilizando moléculas energéticas como o ATP. Uma fosfatase comum em muitos organismos é a fosfatase alcalina. Outro grande grupo de proteínas presentes em arqueas, bactérias, e eucariotas mostram actividades de deoxirribonucleótido e ribonucleótido fosfatase ou de pirofosfatase, que catalisam a decomposição de dNTP/NTP em dNDP/NDP e um ião fosfato livre ou dNMP/NMP e um ião pirofosfato livre. Outras afetam lípidos. O outro grande grupo de fosfatases é o das proteína fosfatases, que eliminam um grupo fosfato de um resíduo de aminoácido fosforilado da proteína substrato. A fosforilação de proteínas é uma modificação pós-traducional comum das proteínas, catalisada por proteína quinases, enquanto que as proteínas fosfatases invertem o efeito.
Fontes: pt.wikipedia.org
Uma matriz de similaridade é uma matriz de pontuação (escores) que expressa a similaridade entre dois pontos dados. Matrizes de similaridade estão fortemente relacionadas com os seus homólogos, matrizes de distâncias e matrizes de substituição. Uma matriz de similaridade é o conceito oposto ao da matriz de distâncias. Os elementos de uma matriz de similaridade medem as semelhanças entre pares de objetos - quanto maior similaridade de dois objetos, maior o valor da medida. Exemplo de matriz de similaridade:
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== Uso no alinhamento de sequências == Matrizes de similaridade são usadas no alinhamento de sequências. Pontuações mais altas são dadas a caracteres mais-similares e pontuações mais baixas ou negativas para caracteres diferentes. Matrizes de similaridade de nucleotídeos são usadas para alinhar seqüências de ácidos nucleicos. Porque há apenas quatro nucleotídeos comumente encontrados em ADN (Adenina (A), Citosina (C), Guanina (G) e Timina (T)), matrizes de similaridade de nucleotídeos são muito mais simples do que matrizes de similaridade de proteínas. Por exemplo, uma matriz simples irá atribuir para bases idênticas uma pontuação de +1 e para bases não-idênticas uma pontuação de -1. Uma matriz mais complicada daria uma pontuação mais elevada para as transições (mudanças de uma pirimidina, como C ou T para outra pirimidina, ou de uma purina, tais como A ou G para outra purina) do que transversões (a partir de uma pirimidina para uma purina ou vice-versa). A razão correspondência/não-correspondência da matriz define a distância evolucionária do alvo. A matriz de DNA +1/−3 usada pelo BLASTN é mais adequada para encontrar correspondências entre as seqüências que são 99% idênticas; uma matriz +1/−1 (ou +4/−4) é muito mais adequada para seqüências com similaridade de cerca de 70%. Matrizes para seqüências de menor similaridade requerem alinhamentos de seqüências mais longas. Matrizes de similaridade de aminoácidos são mais complicadas, porque existem 20 aminoácidos codificados pelo código genético.
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Peptídeo é resumido aqui a partir de literatura pública: definição, contexto e pontos recorrentes na prática. Informação geral, não aconselhamento médico.
A pesquisa sobre Peptídeo apoia-se sobretudo em estudos de laboratório e modelos animais; dados clínicos variam conforme a substância.
Pureza e análise (HPLC, espectrometria de massa), reconstituição correta e armazenamento adequado são decisivos.%!(EXTRA string=Peptídeo)
Nem todos os mecanismos estão demonstrados e um estudo isolado não é evidência global. As questões abertas são sinalizadas.%!(EXTRA string=Peptídeo)